按照5大特色方向，设置科技发展战略研究所、创新发展政策研究所、可持续发展战略研究所、系统分析与管理研究所、科技战略情报研究所等5个研究所，每个研究所聚焦若干具体研究方向，以任务为核心，协调发展相关学科前沿研究。

　　同时，设置重大任务管理集成部，兼具管理和研究功能，主要负责高端智库试点联络、任务管理、成果综合集成和成果报送。