1985年，中共中央出台《关于科学技术体制改革的决定》，开启了中国科技事业发展的新时代。正是在这一年，中国科学院科技政策与管理科学研究所适应时代需要应运而生。

　　中国科学院科技政策与管理科学研究所是科技体制改革的产物。20世纪70年代末80年代初，中国科技界在经历了拨乱反正和思想解放以及恢复与重建科研秩序等一系列重大变迁之后，开始科技体制改革实践。为适应这一快速变化形势，1977年9月中国科学院恢复政策研究室，1981年9月中国科学院学部联合办公室设立管理科学组。1978年3月，中国科学院设立《自然辩证法通讯》杂志社。随着改革的不断深入，战略、政策和管理问题研究日益受到科学院领导层的重视。

　　1984年11月29日，中国科学院政策研究室起草完成《关于成立科技政策与管理研究所的初步设想》，提议在中国科学院政策研究室、管理科学组和《自然辩证法通讯》杂志社基础上成立科技政策与管理科学研究所。

　　1985年6月25日，科技政策与管理科学研究所成立大会召开。

　　建所以后，研究所积极开展组织建设和科技布局。1987年1月，经与应用数学研究所协商，报经中国科学院批准，中国科学院应用数学所优选法与管理科学研究室划转科技政策与管理科学研究所。

　　建所以来，研究所始终坚持改革发展，跟踪学术前沿，关注社会问题，逐步形成了学科交叉、求实创新、团队协作的科研工作特点，以人为本、服务科研的管理风格，“志同气合、经世致用”为核心价值的创新文化。

　　1．布局建设（1985-1987）

　　1985年6月至1987年是研究所初创时期。这一时期，研究所积极推进科研组织和队伍建设，特别是加强专业结构调整和科研体系建设，开展对外学术交流与合作。到1987年末，研究所全面展开研究工作的条件已基本具备。

　　2．结构调整（1988-1992）

　　经过两年多的努力，研究所组织管理和科研体系基本形成。面对科技体制改革带来的发展机遇与挑战，研究所着力把握发展大局，进一步优化和集成力量，增强科研能力和竞争力。

　　3．深化改革（1993-1999）

　　随着经济体制和科技体制改革的不断深化，科技政策和管理研究受到各级政府和企业的广泛关注。研究所在结构调整的基础上，进一步深化改革，力图加强研究所发展能力建设，为国家宏观管理部门和中国科学院有关决策提供支撑。

　　4．创新发展（2000--）

　　改革为研究所进入中国科学院知识创新工程试点系列奠定了坚实基础。2000年，研究所承担的中国科学院试点研究所评估工作和中国科学院自然与社会交叉科学研究中心建设工作纳入知识创新工程试点。2002年，研究所整体进入知识创新工程试点二期研究所序列，迎来了创新发展新阶段。

　　2013年7月，习近平总书记视察中国科学院，明确提出要“率先建成国家高水平科技智库”。2015年5月，中国科学院组建非法人实体中国科学院科技战略咨询研究院，挂靠中国科学院科技政策与管理科学研究所，统筹协调中科院科研院所、学部、教育机构相关研究资源、队伍和平台，探索建立持续开展战略研究的机制。2015年11月，中国科学院被确定为党中央、国务院、中央军委直属的首批10家第一类高端智库建设试点单位之一，并明确试点的重点任务是建设战略咨询院。2015年12月，中国科学院党组决定，以中国科学院科技政策与管理科学研究所更名的方式组建事业法人机构战略咨询院。2016年1月，战略咨询院正式组建，通过整合中科院文献情报中心、地理科学与资源研究所等单位的相关研究力量，推进深化改革工作。2016年10月，中央编办批准中国科学院科技政策与管理科学研究所正式更名为中国科学院科技战略咨询研究院。