OECD分析开放科学对应对新冠肺炎疫情的重要作用
4月20日,经济合作与发展组织(OECD)发布《开放科学对应对新冠肺炎(COVID-19)疫情的重要作用》报告,概述了共享数据、文献和创建在线协作平台方面取得的进展和仍面临的挑战,并提出面向未来的政策路线图[1]。文章认为,在新冠肺炎大流行的全球紧急情况下,开放的科学政策可以消除阻碍研究数据和思想流通的障碍,从而加快疾病研究的步伐。
一、共享数据和文献的动力及已取得成效
报告强调了共享数据和文献对抗击疾病的重要性,而共享的主要推动力是:在共享研究数据的各方间建立和维护信任;数据共享的互利互惠机制;部门间的包容性合作;建立适合所有新发传染病的防范和应对系统,配备适当的支持性技术基础设施,以及对利益相关者访问权限和责任的预先定义;拥有值得信赖的国际合作伙伴作为外部顾问和参考中心;采取措施解决共享研究数据的障碍等。
共享方面已经做出的努力和成效有:2020年1月,包括期刊、资助机构和疾病预防中心在内的117个组织签署了题为“共享与新冠肺炎暴发有关的研究数据和发现”的声明,承诺至少在疫情暴发期间为同行评审的出版物提供即时开放获取;通过预印本服务器提供研究结果,并立即与世界卫生组织(WHO)分享结果;3月,12个国家和地区发起倡议,呼吁公开访问出版物和以机器可读的方式访问与新冠肺炎相关的数据。遵循这些承诺,许多出版商和期刊提供了开放访问,并且许多数据服务器可用于共享流行病学、临床和基因组学数据;同时,用于收集数据的协议和标准得到共享,在线平台也促进了全球新冠肺炎研究人员的协作,如Nextstrain和Gisaid等网站可以跟踪通过遗传突变传播的流行病,MOBS Lab或MIDAS等平台可以对流行病传播进行建模等。
二、全球研究数据共享和协作面临的挑战
尽管全球研究数据的共享和协作达到了前所未有的水平,但挑战依然存在。
1、有关新冠肺炎临床、流行病学和实验室数据获取方面的挑战
如,所有数据都无法充分保证可查找、可访问、可互操作和可重用(四可原则,FAIR);尽管正在采取许多汇总计划,但数据来源往往是分散的;根据当前的数据保护框架,大多数OECD国家跨境访问存在困难。
2、文献开放获取方面的挑战
当前出版商的积极参与将在三个月内到期,从长远来看其可持续性尚不确定;开放获取的仅是与新冠肺炎直接相关的一小部分知识核心,全面理解该病毒所需的更广泛的跨学科知识库未能打开;鼓励人们在危机期间将预印本作为快速传播知识的手段,在很大程度上是积极的,可以提高扩散速度,但存在质量控制的风险,如2月2日BioRxiv服务器上发表的一篇论文错误地断言新冠肺炎病毒序列可能是人为造成的。
3、为促进研究合作而涌现的平台面临的挑战
如多个计划之间的沟通和协调需要改进;不同平台间的互操作性问题导致缺乏协调;不同平台的目标受众不清楚;缺乏对研究合作平台的可持续性考虑。
三、关于制定弹性开放科学政策的建议
考虑到当前危机中开放科学的成就和挑战,借鉴OECD国家以往的经验教训,需协作设计开放科学计划以应对新冠肺炎危机。
1、开发数据治理模型
默认情况下允许开放研究数据,同时保护个人隐私。这涉及建立由道德审查委员会监控的强有力同意机制,须有道德框架来保护患者、医护人员、机构等免受直接或长期的影响。
2、提供监管框架
实现大型电子健康记录提供者和患者交流网络之间的互操作性。数据标准需要确保数据可查找、可访问、可互操作和可重用,包括通用数据标准以及大流行的特定标准。
3、开发或阐明治理框架
由各类行为者和公民社会共同努力,以信任的方式将私人拥有的研究数据用于公共利益。该框架应包括:治理原则、开放数据策略、可信赖的数据重用协议、透明性要求和保护措施以及问责机制。
4、明确对研究人员的激励和奖励
要求立即披露数据、软件和出版协议。机构和国家政策应解决数据贡献者之间的认可和文化/结构障碍的问题,培育以共享为规范的文化。
5、确保足够的基础架构
包括:数据和软件存储库、计算基础架构和数字协作平台,以确保紧急情况的反复发生。包括具有可兼容标准的、经过认证的可信赖且相互链接存储库的全球网络,以确保新冠肺炎数据的长期保存以及对任何未来紧急情况的准备。
6、建设人力资本和机构能力
确保在个体机构和充当数据聚合者的机构中都有足够的人力资本和能力来创建、管理和重用研究数据。
7、更严格地跨境访问敏感的研究数据
在安全的环境中可以进行访问,主要涉及临床数据。可能不允许离开原始存储库,但可以由mobile7算法访问,从而可使用这些数据回答特定的研究问题。 (王建芳)
[1] Why open science is critical to combatting COVID-19. https://www.oecd.org/coronavirus/policy-responses/why-open-science-is-critical-to-combatting-covid-19/