专著：
1．《企业创新政策体系与使用指南》，知识产权出版社，2017,。
2．《自主创新与研发资源配置——以中国工业企业为例》，知识产权出版社，2010。
3．《创新型企业评价理论与实践》，经济科学出版社，2015.
4．《中国企业技术创新主体地位评价——基于LVS框架的企业创新驱动力实证研究》，知识产权出版社，2015。
5．《建筑企业科技创新核心指标统计基础与评价》，经济科学出版社，2015.
6．《产学研合作组织模式比较研究——基于中国和奥地利典型案例分析》，知识产权出版社，2014。
7．《全球化浪潮中的合作创新组织》，第二作者。知识产权出版社，2008。
合译著
8．《全球化、创新变迁与创新政策——以欧洲和亚洲10个国家（地区）为例》，科学出版社，2012.
合编著
9．《中国汽车企业创新报告（2017）》，主编，经济管理出版社，2018。
10．《国家创新发展报告》2016，副主编，社会科学文献出版社,2018。
11．《国家创新发展报告》2017-2018，副主编，社会科学文献出版社,2017。
12．《中国创新型企业发展报告》(2009\2010\2011\2012\2013-14)，经济管理出版社
13．《中国创新型企业案例》（第1/2/3/4/5/6辑），清华大学出版社,2011,2012.
14．《科教结合与国家创新体系建设》，科学技术文献出版社，2013
15．《创新生态2014——基于政策的视角》，科学技术文献出版社，2015.
16．《国家创新体系发展报告》，科学技术文献出版社，2016
17．《科技资源优化配置与中国发展》，浙江教育出版社，2015
18．《跨国公司在华研发：发展、影响及对策研究》， 2009
19．《中国科技发展报告2007》等,2008.

论文:

主要代表作（标*为通讯作者）有：
1．张赤东，中国企业技术创新现状调查:特征、倾向与对策。科研管理，第34卷，第2期，pp10-18，2013。【人大复印报刊资料《企业管理研究》全文转载，2013（5）；新华文摘观点摘要，2013（10）】
2．张赤东. 中国企业技术创新主体地位监测分析(2000-2012年). 科研管理, 2015, 36(11): 71-79.
3．张赤东. 企业创新类型与特征:战略、行业与规模差异——基于国家级创新型企业全样本问卷调查. 科学学研究, 2013(6):932-937.【人大复印报刊资料《创新政策与管理》全文转载，2013（10）】
4．邸晓燕, 张赤东*. 企业创新动力:概念、模式及分析框架. 科技管理研究, 2017, 37(17): 16-22.
5．郭铁成，张赤东*，我国对外技术依存度究竟是多少——基于全球化视角的测算，中国软科学，第2期：35-41，2012。【被《学习时报》转载，2011-11-14】
6．张赤东. 国有企业在中高创新驱动力阶段波动停滞——基于企业创新驱动力指数的分析. 全球科技经济瞭望, 2017, 32(7):58-69.
7．张赤东，民营大企业研发体系模式分析，中国科技论坛，第5期，pp61-66，2011。【被人大复印资料《创新政策与管理》全文转载，2011年第9期，P29-35。】
8．张赤东，王元。企业创新的动机:来自市场需求的激励——基于国家级创新型企业全样本调查问卷分析。中国科技论坛，2014年第4期，P74-79。
9．郭铁成，张赤东*。经济创新度与经济体创新评级，中国科技论坛，2014年第12期，P5-13。
10．张赤东，罗亚非，创新型企业技术创新依存度指数及其应用——创新型企业TOP100生成，科技进步与对策，第2期，pp1-5,2013.
11．张赤东，建设创新型企业：战略意义、内涵、特点与着力点。中国科技论坛，第5期，pp47-52，2010。
12．张赤东，构建以企业为主体、产学研相结合的技术创新体系，中国科技论坛，第1期，pp3-4，2009。
13．张赤东，以企业为实施主体的美国NII计划组织实施方法及其对我国重大专项组织实施的启示，科技进步与对策，第27卷，第4期，pp94-98，2010。
14．张赤东，郭铁成，西北有色院三位一体的创新之路，中国科技论坛，第8期，pp32-35，2010.
15．中奥产学研合作组织模式比较研究项目组（中方包括李新男\苏靖\张杰军\汤富强\叶建忠、张赤东*、邸晓燕、赵捷等;奥方包括Josef Frhlich等），中国奥地利产学研合作组织模式比较研究，中国科技论坛，第8期，pp146-149,2011。
16．张赤东，程家瑜，推动企业研发机构建设 强化企业创新能力，中国科技奖励，第10期，pp68-71，2012.【被“科技日报”全文转载，2012-09-10】
17．张杰军，张赤东*，中国创新型试点企业规模与技术创新投入关系研究，科学学与科学技术管理，第1期，pp52-57，2008。
18．张赤东，郭铁成，基于全球化视角的对外技术依存度测算方法及预测——以大中型工业企业为例，统计研究，第29卷，第4期，pp39-43，2012。
19．张杰军，张赤东*，中外科技合作研发机构管理中的问题和建议，科技管理研究，第4期，pp20-22，2010。
20．张赤东，推进创新型企业建设的目标与举措，科技创新与生产力，第8期，pp13-16，2010。
21．张赤东，三鹿事件企业“造假”行为的经济学分析，生产力研究，第23期，pp196-199，2009。
22．张赤东，郑垂勇，我国中小企业技术创新战略SWOT模型分析，科技管理研究，第3期，pp106-109，2007。
23．张赤东，郑垂勇，论企业R&D活动经营管理，现代管理科学，第12期，pp16-17， 2005。
24．邸晓燕, 张赤东*. 产业技术创新战略联盟的类型与政府支持. 科学学与科学技术管理, 2011, 32(4): 78-84.
25．张赤东. 韩国创新赶超的“三步走”成功路径与政策启示. 全球科技经济瞭望, 2016, 31(8): 27-32.
26．邸晓燕(#)，张赤东，董诚，产业技术创新战略联盟中的信用机制:理论与实践，第六届科技信息资源共享促进国际会议，杭州，2011.11.11-2011.11.12。 会议论文
27．王庆元(#)，张杰军，张赤东，我国R&D经费与专利产出关系研究综述，中国科技信息，2010，（09）：333-334。
28．罗亚非(#)，李望月，张赤东，基于分布的指标规范化方法及在企业创新评价中的运用，统计与决策，2011，（01）：179-181。
29．韩旺(#)，罗亚非，张赤东，中国各地区R&D经费资源分布差异及变动趋势分析，中国科技论坛，2012，（06）：109-114。
30．赵薇(#)，张杰军，张赤东，基于层次分析法的移动集团套餐资费评价模型，情报杂志，2010，（S2）：70-72。
31．王庆元(#)，张杰军，张赤东，我国创新型企业研发经费与发明专利申请量关系研究，科学学与科学技术管理，2010，（11）：5-12。
及《论企业R&D活动经营管理》
《我国中小企业技术创新战略SWOT模型分析》
《官产学研结合:科技创新之路》
《企业R&D是发展循环经济的关键》
《中国创新型试点企业规模与技术创新投入关系研究》
《建设创新型企业:战略意义、内涵、特点与着力点》
《我国创新型试点企业创新能力差异分析》
《区位基尼系数与中国工业企业R&D资源地区差异研究》
《中外科技合作研发机构管理中的问题和建议》
《中国制造业企业R&D经费资源的优化配置——一个基于循环经济评价指标体系的尝试》等

报纸文章
  《建立技术创新市场导向机制》，光明日报，2015-11-20
  《推动企业研发机构建设 强化企业创新能力》，科技日报，2012-09-10
  《我国对外技术依存度究竟是多少》，学习时报，2011-11-14
  《培育世界级企业研发机构是当世之需》，科技日报，2008-07-31